RDKit– category –

【目的】 atom indexを一意に振り直す方法を解説する CanonicalRankAtomsやRenumberAtoms関数を理解する 【はじめに】 さまざまなデータベースから分子構造を入手したり自分でMolオブジェクトを作成していると、同じ分子においてもatom indexの順番が異な...

【目的】 Molオブジェクトを描写するときに、atom indexなどの好きな情報を一緒に表示する方法をまとめる atomLabel, atomNote, molAtomMapNumber プロパティの違いを理解する 【コード】 RDKitのatom propertyにatomLabel, atomNote, molAtomMapNumberが...

【目的】 RDKitに実装されているSPS記述子を理解する 【SPS(Spacial Score)】 RDKit version 2023.9.1から実装されています。(#6742) Adrian Krzyzanowski, Axel Pahl, Michael Grigalunas, and Herbert WaldmannJournal of Medicinal Chemistry 2023 66 (...

【目的】 RDKitに実装されているIpc 記述子を理解する。 【Ipc(Information content for polynomial coefficients)】 RDKitのIpc 記述子は、分子の複雑さを表現した指標であり、以下の論文で定義されています。 D. Bonchev, N. TrinajsticChemical Physics...

【目的】 RDKitに実装されているBertzCT 記述子を理解する。 【BertzCT】 RDKitのBertzCTは分子の複雑さを表した記述子であり、以下の論文を参考に定義されています。 Steven H. BertzJournal of the American Chemical Society 1981 103 (12), ...

【目的】 RDKitに実装されているBalabanJ 記述子を理解する。 【BalabanJ】 RDKitに実装されているBalabanJ 記述子は分子構造に基づいたTopological indexであり、以下の論文で定義されています。 BalabanA.T. et al.Chem. Phys. Lett. vol 89, 399-404, (...

【目的】 以下の記述子を理解する。 MaxEStateIndex MinEStateIndex MaxAbsEStateIndex MinAbsEStateIndex 【はじめに】 RDKitで計算できる4つのEstate記述子(MaxEStateIndex, MinEStateIndex, MaxAbsEStateIndex, MinAbsEStateIndex)は、単にある分子のEs...

【目的】 SMILESから分子記述子を生成する手法を学ぶ 【前提】 RDKitのインストール pip install rdkit import rdkit print(rdkit.__version__) # <output> # RDKit version: 2023.09.6 RDKitで生成できる記述子 RDKitで生成できる記述子は、rdkit.C...