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【目的】 atom indexを一意に振り直す方法を解説する CanonicalRankAtomsやRenumberAtoms関数を理解する 【はじめに】 さまざまなデータベースから分子構造を入手したり自分でMolオブジェクトを作成していると、同じ分子においてもatom indexの順番が異な...

【目的】 Molオブジェクトを描写するときに、atom indexなどの好きな情報を一緒に表示する方法をまとめる atomLabel, atomNote, molAtomMapNumber プロパティの違いを理解する 【コード】 RDKitのatom propertyにatomLabel, atomNote, molAtomMapNumberが...

【目的】 SMILESから分子記述子を生成する手法を学ぶ 【前提】 RDKitのインストール pip install rdkit import rdkit print(rdkit.__version__) # <output> # RDKit version: 2023.09.6 RDKitで生成できる記述子 RDKitで生成できる記述子は、rdkit.C...